Periode 1999
Badan Urusan Ketahanan Pangan (BUKP) dibentuk melalui Keppres No. 136 tahun 1999 yang diharapkan dapat terorganisasi dengan lebih baik. Penjabaran Keppres tersebut terkait dengan kedudukan, tugas, fungsi, susunan organisasi, dan tata kerja Departemen Pertanian yang diuraikan melalui Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 160/Kpts/OT.210/3/2000 tata kerja Departemen Pertanian, Badan Urusan Ketahanan Pangan pada Bab XII pasal 140. Melalui Keputusan tersebut dikemukakan bahwa, badan ini mempunyai tugas melaksanakan pengkajian dan pengembangan ketahanan pangan berdasarkan kebijakan Menteri dan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Penanganan distribusi pangan khususnya beras pada masa pemerintahan Abdurrahman Wahid dilakukan juga oleh BULOG dengan ruang lingkup tugas yang sama untuk mendukung pemantapan ketahanan pangan.

Periode 2001 – 2004
BUKP dan Sekretariat Pengendali (Setdal) BIMAS dilebur menjadi Badan Bimas Ketahanan Pangan (BBKP) yang ditetapkan berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 177 Tahun 2000 pasal 16 tentang susunan organisasi dan tugas Departemen Pertanian. Keppres tersebut menjelaskan bahwa BBKP merupakan suatu unit kerja setingkat eselon I dalam struktur Departemen Pertanian dengan tugas yang diuraikan dalam Keputusan Menteri Pertanian Nomor 01/Kpts/OT.210/2001 tentang organisasi dan tata kerja Departemen Pertanian yaitu “melaksanakan pengkajian, pengembangan, dan koordinasi pemantapan ketahanan pangan”.  Sedangkan untuk pelaksanaan tugas pemantapan ketahanan pangan di daerah (propinsi maupun kabupaten/kota), telah dibentuk unit kerja struktural ketahanan pangan di propinsi dan kabupaten/kota dengan tetap berpedoman kepada Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 dan Peraturan Pemerintah Nomor 25 tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Kewenangan Propinsi sebagai Daerah Otonomi. Undang-undang dan Peraturan Pemerintah tersebut telah menetapkan mengenai struktur, organisasi dan tata kerja perangkat pemerintah propinsi dan kabupaten/kota